鑑於標準作業流程是人員工作執行的準則，也是單位作業品質一致性及持續性傳承的重要依據，於2007年著手擬定行政作業及臨床作業兩種標準作業流程格式。文件架構分為單位內部常規行政、醫療專業服務、研究、教學、病人安全、法令政策、法令政策配合、品質促進綜合指標及緊急況處理等八單元。編寫層面涵蓋部門之行政及臨床標準作業流程，包括侵入性處置標準流程和病房標準作業流程。

迄2007年12月底，全院各科編寫標準作業流程文件共3500件以上。